标准菌种在培养或保藏过程中，可能会出现某些优良生产性状的劣化、遗传标记丢失、典型特征改变等现象，称为菌种衰退。比如苏云金芽孢杆菌由于菌种衰退，导致其新生的菌体芽孢和伴孢晶体都比较小；保藏的沙门氏菌鞭毛抗原丢失，导致H多价血清不凝固等。
标准菌种使用注意事项：
1.从事其进出口的单位，除具备菌种生产经营许可证以外，还应当依照国家外贸法律、行政法规的规定取得从事菌种进出口贸易的资格。
2.进出口审批单有效期为3个月。
3.为境外制种进口菌种的，可以不受注释1的限制，但应当具有对外制种合同。进口的菌种只能用于制种，其产品不得在国内销售。
4.从境外引进试验用菌种及扩繁得到的菌种不得作为商品菌种出售。
标准菌种的使用说明：
1.复苏前应准备适于该菌种生长的固体、液体培养基和培养设备，所有操作均应在符合生物安全保护及无菌条件下进行。
2.启开菌种前，用75%酒精棉消毒西林瓶表面。在无菌条件下，按铝盖上的箭头方向打开塑盖，撕开铝盖，打开西林瓶胶塞，加入0.3mL左右的配套液体培养基，用无菌滴管反复吹吸，将冻干菌种溶解成为悬液，然后用无菌滴管或接种环移至斜面、平板或液体培养基，并连同剩余菌悬液的西林瓶一起放置于36℃培养箱中进行培养。
3.次日观察它的生长情况，如未生长，应继续培养24h，或吸取培养之后的菌悬液中再次接种培养基，培养24h观察。
4.标准菌株为一次性使用品，开启之后不能反复使用或保存，暂不开启的菌种应在4℃保藏。
5.复苏后在传1-2代后使用，建议菌种使用5代后弃用。
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